‘거래기록 보존의무 위반’은 단순한 서류 관리 소홀 문제가 아니라, 세무조사·형사처벌·과징금·민사 책임까지 연결될 수 있는 중대한 법적 리스크입니다.
이 글을 통해서 당신한테 거래기록 보존의무의 기본 개념, 관련 법령, 위반 시 처벌과 리스크, 실제 실무상 주의점, 대응 방법과 예방 체크리스트를 알려주겠습니다.
1. ‘거래기록 보존의무 위반’ 개요
1-1. 거래기록 보존의무란 무엇인가
- 의미
- 대상이 되는 주요 거래기록
- 회계 장부, 전표, 영수증
- 세금계산서, 계산서, 카드 매출·매입 자료
- 거래 계약서, 주문서, 납품서, 인수증
- 전자상거래 주문·결제·배송 기록
- 금융거래 내역(입·출금, 송금, 대출, 보증 등)
- 왜 중요한가
2. 관련 주요 법령과 보존기간 정리
2-1. 어떤 법에서 거래기록 보존을 요구하나
대표적으로 다음과 같은 법령에서 거래기록 보존의무가 규정됩니다.
- 상법
- 상인·회사 회계장부 및 영업 관련 서류의 보존의무
- 법인세법·소득세법·부가가치세법
- 세금계산서, 장부, 영수증, 전표 등의 보관의무
- 전자금융거래법·전자상거래법
- 여신전문금융업법
- 신용카드 매출전표 및 관련 거래자료
- 특정금융정보법(자금세탁방지)
- 금융회사·가상자산사업자의 거래기록, 고객확인 기록 보존
2-2. 법령별 기본 보존기간 요약
> 회사에서 실무적으로 가장 자주 문제 되는 항목 위주로 정리한 표입니다. (일반적인 기준이며, 개별 업종·특수 규정에 따라 달라질 수 있습니다.)
| 구분 | 주요 법령 | 보존 대상 | 최소 보존기간(일반적 기준) |
|---|---|---|---|
| 회계장부·영업에 관한 서류 | 상법 | 총계정원장, 보조장, 영업 관련 문서 | 10년 (장부), 10년 이내 상당 기간(영업 관련 서류) |
| 세금계산서·장부 등 | 법인세법, 소득세법, 부가가치세법 | 세금계산서, 계산서, 영수증, 전표, 회계장부 | 5년 이상 |
| 전자상거래 주문·결제 기록 | 전자상거래법 | 계약·청약철회·대금결제 및 재화 공급 관련 기록 | 통상 5년 |
| 전자금융거래 기록 | 전자금융거래법 | 이체, 결제, 출금 등 전자금융거래 내역 | 5년 (거래종류에 따라 차이) |
| 신용카드 매출전표 | 여신전문금융업법 | 카드매출전표 및 관련 거래자료 | 통상 5년 |
| 자금세탁방지 관련 기록 | 특정금융정보법 | 고객확인, 금융거래 내역 | 통상 5년 이상 |
– 실무 팁
- “최소 5년, 회계장부는 10년” 정도를 기본 기준으로 잡는 것이 안전합니다.
- 세무 리스크를 고려하면, 분쟁 가능성이 있는 거래는 10년 이상 보관을 고려할 필요가 있습니다.
3. ‘거래기록 보존의무 위반’이 되는 경우
3-1. 어떤 행위가 위반에 해당하나
- 명시적 위반
- 법에서 정한 보존기간 전에 임의로 폐기한 경우
- 필수 거래기록을 아예 작성하지 않거나 누락한 경우
- 전자기록을 보관해야 하는데, 시스템 미비로 자료가 소실된 경우
- 사실상 위반(실무에서 자주 문제 되는 유형)
3-2. ‘실수’와 ‘고의’의 차이
- 실수·과실로 인한 위반
- 고의적 위반
4. 거래기록 보존의무 위반 시 리스크·처벌
4-1. 세무·행정상 제재
4-2. 형사처벌 가능성
- 관련 범죄와 연결될 때
- 예상 가능한 죄명
4-3. 민사·경영 측면 리스크
- 민사상 손해배상 책임
- 거래기록이 없어 계약 내용·이행 여부를 입증하지 못해 회사가 패소
- 투자자·주주가 손해배상을 청구하는 경우
- 경영·레피테이션 리스크
- 외부감사인(회계법인)이 감사의견 한정·부적정 의견을 낼 수 있음
- 금융기관·투자자로부터 신뢰도 하락, 자금조달 어려움
5. 대표·임직원이 특히 주의해야 할 포인트
5-1. 대표이사·임원의 책임 포인트
- 책임이 문제되는 상황
- 회사에 보존 시스템을 구축하지 않거나,
- 실질적으로 거래기록 관리가 방치된 경우
- 경영진이 지시 또는 묵인하여 불리한 자료를 고의 폐기한 경우
- 법적 평가
5-2. 실무 담당자(재무·회계·영업)의 리스크
지시·보고 사실을 남겨두는 것이 향후 방어에 도움이 될 수 있음
6. 실제 분쟁·수사에서 자주 나오는 쟁점
6-1. “자료가 없다”는 말을 어떻게 보나
- 수사기관·세무당국의 시각
- “보존의무가 있는데 자료가 없다” =
탈세·횡령 등 다른 문제를 숨기려는 것일 수 있다고 의심
불가피한 사유가 있다면 입증 자료 확보
6-2. 부분 소실·부분 폐기 시 쟁점
- 일부 기간·일부 거래만 자료가 없는 경우
- 의도적 폐기인지, 관리 소홀인지가 핵심
- 실무상 필요한 자료
- 백업 로그, 서버 교체 기록
- 외부 회계사·세무사와의 이메일, 문서
- 내부 규정, 인수인계 문서
6-3. 전자문서·클라우드 기록의 법적 효력
- 전자문서도 원칙적으로 종이 문서와 동일한 증거력 인정
- 유의할 점
7. 기업이 당장 점검해야 할 체크리스트
7-1. 기본 점검 리스트
- 회사에 다음 항목이 있는지 확인해 보십시오.
7-2. IT·시스템 측면 체크
- 전산·클라우드 시스템에서 확인할 사항
- [ ] 정기 백업 주기(일간/주간/월간)가 설정되어 있는가
- [ ] 랜섬웨어·해킹 등에 대비한 이중 백업이 있는가
- [ ] 접근 권한이 역할별로 구분되어 있는가
- [ ] 삭제 로그·접속 로그가 보존·추적 가능한가
- [ ] 외부 클라우드 서비스 종료 시 데이터 반출 방안이 있는가
8. ‘거래기록 보존의무 위반’ 발생 시 대응 전략
8-1. 이미 기록이 없어진 경우, 우선 해야 할 일
- 1단계
- 사실관계 파악
- 2단계
- 대체 자료 확보 시도
- 거래처·은행·카드사·플랫폼사 등 외부에서 재발급·내역 조회
- 이메일, 메신저, 파일 서버 등에서 간접 증빙 자료 수집
- 3단계
8-2. 세무조사·수사 통보를 받은 경우
- 피해야 할 대응
- 급하게 추가 조작·허위 작성을 하는 것
- 직원에게 허위 진술 강요 또는 ‘입 맞추기’ 지시
- 바람직한 대응
- 이미 존재하는 자료를 중심으로 사실에 맞게 정리
- 기록이 없는 부분에 대해
- 왜 없게 되었는지
- 당시 회사의 관리체계는 어땠는지
- 고의가 아니라는 점을 보여줄 수 있는 객관적 자료를 준비
- 대표·임원의 직접 진술 전에 전문가 조언을 충분히 받을 것
9. 예방을 위한 실무 팁
9-1. 내부 규정·교육
- 내부 규정
- “거래기록 보존규정” 또는 “문서관리규정”을 만들어
- 보존 대상 문서 목록
- 보존기간
- 책임부서·책임자
- 폐기 절차
- 를 명시해 두는 것이 좋습니다.
- 직원 교육
9-2. 외부 업체·플랫폼 이용 시
- 회계·세무 대리인
- 자료 원본을 회사 내부에도 반드시 보관
- 계약서에 자료 보존·반환 의무를 명시
- PG사·쇼핑몰·플랫폼
- 거래내역 조회·다운로드 기간을 확인하고
- 정기적으로 회사 서버에 엑셀·PDF 등으로 저장
- 카드사·은행
- 인터넷뱅킹·기업뱅킹에서 정기적으로 거래내역 백업
10. 자주 묻는 질문(FAQ)
Q1. 소규모 법인·개인사업자도 거래기록 보존의무를 지켜야 하나요?
- 네, 규모와 무관하게 세법상 장부·증빙 보관의무는 적용됩니다.
- 특히 세금계산서, 장부, 영수증은 최소 5년 이상 보관하는 것이 안전합니다.
Q2. 종이 원본을 스캔해서 전자파일로만 보관해도 되나요?
- 일반적으로 스캔본·전자파일도 증빙으로 활용될 수 있으나,
- 위·변조 방지,
- 파일의 원본성·무결성을 입증할 수 있는 체계를 갖추는 것이 좋습니다.
- 중요한 계약서·공증서류 등은 종이 원본도 함께 보관하는 것이 안전합니다.
Q3. 과거에 이미 폐기한 거래기록 때문에 처벌을 받을 수 있나요?
- 보존기간 내의 기록을 고의로 폐기했다면,
- 세무조사나 수사 과정에서 조세포탈·증거인멸 등으로 문제될 수 있습니다.
- 다만, 구체적 사안(폐기 시점, 경위, 다른 범죄와의 연관성)에 따라
- 행정제재에 그칠지, 형사문제로 비화될지가 달라지므로
- 관련 사실을 정리해 두고 전문가 상담을 받는 것이 좋습니다.
Q4. 클라우드 서버 장애로 기록이 일부 날아갔는데, 이것도 위반인가요?
- 불가피한 시스템 장애로 인한 소실이라면
- 고의성이 없는 한 형사처벌까지 이어질 가능성은 상대적으로 낮습니다.
- 다만,
- 백업 체계를 구축하지 않은 점이 관리 소홀로 평가될 수 있고
- 세무상 증빙 미비에 따른 불이익은 발생할 수 있습니다.