국고보조금 부정수급 처벌, 기업이 반드시 알아야 할 리스크와 대응 전략

‘국고보조금 부정수급 처벌’은 단순 환수로 끝나는 문제가 아니라, 형사처벌·추가 제재·회사 신뢰도 추락까지 이어질 수 있는 중대한 법적 리스크입니다.
이 글을 통해서 당신한테 국고보조금 부정수급의 개념, 관련 법규와 처벌 수위, 실제로 문제가 되는 유형, 수사·재판 시 쟁점, 기업이 취할 수 있는 실무적 대응 전략을 알려주겠습니다.

1. 국고보조금 부정수급 처벌 개요

1-1. 국고보조금·보조사업의 의미

• 국고보조금
• 국가 예산에서 출연되는 재정 지원금
• 기업·단체·개인에게
• 연구개발(R&D)
• 고용·훈련지원
• 설비투자·지역산업육성
• 문화·관광·수출지원 등
• 목적을 정해 지원하는 자금

• 보조사업
• 보조금을 사용하여 수행하는 사업 전반
• 사업계획서·협약서·교부결정서에
• 사용 목적
• 사용 항목
• 집행 기한
• 정산 방식
• 등이 명시됨

1-2. “부정수급”의 기본 개념

• 부정수급(부정수령)이란
• – 거짓 신청, 서류 조작, 허위 보고, 용도 외 사용 등으로
• 보조금을 부당하게 받거나
• 받을 수 없는 금액을 더 받거나
• 목적 외로 사용하는 것을 의미함
• 핵심 포인트
• “실제로 돈을 받았는지”뿐 아니라
• 허위 신청, 허위 정산, 서류 위조, 허위 인력 신고 등 전체 과정에서의 부정 행위가 문제됨
• ‘관행’, ‘담당 공무원이 알았다’는 주장만으로 책임이 면제되기 어려움

1-3. 관련 주요 법률 체계

대표적으로 다음 법률들이 적용됩니다.

• 보조금 관리에 관한 법률(보조금법)
• 국고보조금의 교부·집행·관리 전반을 규율
• 부정수급 시 형사처벌 규정 포함
• 형법(사기죄, 공문서위조죄, 위계에 의한 공무집행방해 등)
• 허위 신청, 서류 위조, 속임수로 보조금을 받은 경우 적용 가능
• 특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률
• 부정수급 금액이 일정 기준(5억/50억 등)을 넘을 때 가중처벌 가능
• 각 개별 지원사업 법령·지침
• 고용노동부, 산업부, 중기부, 복지부, 문체부, 지자체 등 각 사업별로 별도 제재 규정 존재
• “향후 ○년간 참여 제한”, “추가 지원 불가” 등 행정제재 규정

2. 국고보조금 부정수급 시 처벌 규정 정리

2-1. 보조금법상 형사처벌 (핵심)

보조금 관리에 관한 법률 주요 처벌 규정(요지):

• 다음과 같은 행위는 5년 이하 징역 또는 5천만원 이하 벌금 가능
• 거짓 신청, 기타 부정한 방법으로 보조금을 교부받은 경우
• 보조금을 목적 외 사용한 경우
• 보조금의 교부·사용에 관해 거짓 보고, 허위 자료 제출 등

• 법인(회사)에 대한 양벌규정
• 위 행위가 법인의 업무에 관해 이루어진 경우
• 행위자(실무자·대표 등) 뿐 아니라
• 법인도 벌금형을 함께 선고 받을 수 있음
• 다만, 법인이 상당한 주의와 감독을 다한 경우에는 면책 여지

2-2. 형법상 사기죄·공문서위조 등과의 관계

• 사기죄 (형법 제347조)
• 허위 서류·허위 사실을 제출하여 보조금을 받은 경우
• “공무원을 속여 재산상 이익(보조금)을 취득”한 구조로 판단
• 10년 이하 징역 또는 2천만원 이하 벌금

• 공문서위조·위조사문서행사 등
• 인감증명서, 법인등기부, 확인서, 출근부, 급여대장 등
• 공문서 또는 이에 준하는 서류를 위조·변조한 경우
• 사기죄와 함께 병합되어 처벌 수위가 올라가는 경향

• 위계에 의한 공무집행방해
• 공무원의 보조금 심사·검사 업무를
• 속임수로 잘못 수행하게 만든 경우

2-3. 금액별·유형별 처벌 수위 비교

※ 실제 형량은

• 부정수급 금액
• 회수·반환 여부
• 자진신고 여부
• 조직적·반복적 여부
• 대표·임원 관여 정도
• 등에 따라 크게 달라집니다.

2-4. 행정제재: 환수·추가징수·참여 제한

형사처벌과 별도로 행정제재가 병행됩니다.

• 환수
• 부정수급액 전액 환수
• 이미 사용한 금액이라도 반환해야 함

• 추가징수(가산금·제재부가금)
• 부정수급액의 일정 비율(예: 20~50% 등)을 추가 징수
• 사업별·부처별 규정에 따라 상이

• 참여 제한
• 일정 기간(예: 1~5년)
• 동일 부처·지자체 사업 참여 제한
• 입찰·지원사업 선정 제한

• 기타
• 언론공표, 부정수급 기업 명단 공개
• 이미 진행 중인 다른 지원사업의 중단 또는 환수

3. 실제로 문제가 되는 부정수급 유형

3-1. 연구개발(R&D) 보조금 부정수급

• 자주 나오는 패턴
• 인건비를 실제 지급하지 않았는데 지급한 것처럼
• 급여대장·통장거래를 허위로 맞추는 경우
• 외주 용역을 실제보다 부풀려 계약·세금계산서 발행 후
• 다시 리베이트 형식으로 돌려받는 구조
• 과제 수행 인력이 실제로는 타 업무를 하거나
• 다른 회사 직원인데 서류상 인력으로 등재
• 장비·재료비를 허위로 계상하거나
• 중고/타 용도 물품을 신규로 산 것처럼 처리

• 쟁점
• “실제로는 과제 목적에 어느 정도 기여했는지”
• “전체 금액 중 부정 부분의 비율”
• “연구 성과가 있는지” 등이 양형에서 고려됨

3-2. 고용·인건비 지원(고용유지, 청년고용, 훈련비 등)

• 대표적인 부정 유형
• 허위 고용
• 실제로 근무하지 않는 가족·지인을 직원으로 등록
• 4대 보험만 가입해 두고 급여는 다시 돌려받는 구조
• 근로시간·임금 허위 기재
• 출근부·임금대장을 허위로 작성
• 최저임금 이상 지급한 것처럼 서류만 맞춤
• 형식적 훈련·교육
• 교육·훈련을 제대로 실시하지 않았음에도
• 서류상 교육일지·사진·출석부를 허위 작성

3-3. 설비투자·창업·지역지원 보조금

• 자주 적발되는 유형
• 보조금으로 산 설비를
• 실제로는 다른 회사에 대여·전용하거나
• 단기간 사용 후 중고로 매각
• 사업장 주소만 맞춰놓고
• 실질적 사업은 전혀 수행하지 않는 “유령 사업장”
• 지원받은 자금으로
• 대표 개인 채무 변제, 기존 회사 운영비 보전 등
• 목적 외 사용

4. 국고보조금 부정수급, 수사·재판에서의 핵심 쟁점

4-1. “고의(故意)가 있었는지” 여부

• 수사기관·법원이 보는 핵심 포인트
• 부정수급이 고의적·계획적이었는지
• 아니면 규정 오해, 관리 소홀에 가까운 과실인지
• 고의를 의심하게 만드는 요소
• 반복적 허위서류 제출
• 여러 인원이 조직적으로 관여
• 내부 회의록·메신저에서 “이렇게 하면 들키지 않는다” 식 대화
• 담당자 교체 후에도 동일 패턴 지속

4-2. “부정수급 금액 산정” 문제

• 실제로 다툼이 많은 부분
• 전액이 부정인지, 일부만 부정인지
• 인건비의 경우
• 일부라도 실제 근무·과제 기여가 있었다면
• 그 부분은 정당한 지급인지
• 실무 팁
• 세부 산정 근거를 스스로 정리해 둘 필요
• 인력별 실제 근무시간
• 과제별 투입 비율
• 설비 사용 내역 등

4-3. 대표·임원의 책임 범위

• 검찰·법원은 다음을 중점적으로 봅니다.
• 대표가 실제 내용을 알고 지시했는지
• 또는 보고를 받고도 묵인·방조했는지
• 회사 내부에
• 회계·정산·내부통제 시스템이 있었는지
• 실무자가 독단적으로 한 것인지
• 대표가 책임을 줄이기 위해 중요한 점
• 내부 규정·매뉴얼 존재
• 정기적인 교육·점검 실시
• 위반 사실 인지 후 즉시 시정·자진신고 노력

5. 기업이 지금 당장 점검해야 할 체크리스트

5-1. 우리 회사가 받는 보조금·지원금 리스트화

• 다음 항목을 표로 정리해 두는 것이 좋습니다.
• 지원 부처·기관명
• 사업명·과제명
• 협약 기간·지원 금액
• 사용 목적·집행 항목
• 정산 시기·제출 서류
• 담당자(내부·외부)

5-2. 내부 점검 포인트

• 필수 점검 항목
• 사업계획서·협약서의 용도 제한을 제대로 지키는지
• 인건비·외주비·재료비 등 주요 항목에
• 증빙서류(급여명세서, 통장거래내역, 세금계산서, 계약서)가 있는지
• 실제 업무 내용과
• 보고서·출근부·회의록 내용이 일치하는지
• 외부 회계·세무 처리와
• 보조금 정산 자료가 상충되지 않는지

5-3. 리스크 감지 시 즉시 할 일

• 의심 정황이 보일 때
• 관련 자료(메일, 메신저, 회의록, 영수증 등) 보존 조치
• 추가 허위서류 작성·제출 즉시 중단
• 외부 전문가(노무·회계·형사 전문 등)와
• 사실관계 정리 및 리스크 진단
• 필요 시
• 사업 담당 공무원·기관에 자진 정정·반환 협의

6. 수사·감사·조사 단계별 실무 대응 전략

6-1. 감사·현장점검 통보를 받은 경우

• 해야 할 일
• 통보서·요청자료 목록을 정확히 파악
• 관련 자료를 삭제·수정하지 말고 있는 그대로 정리
• 내부 담당자만이 아닌
• 회계·노무·법률 등 관련 부서와 함께 사실관계 정리
• 주의할 점
• 감사 초기 진술이 이후 수사에서 그대로 증거로 사용될 수 있음
• “관행이었다”, “다들 이렇게 한다”는 표현은 오히려 불리하게 작용

6-2. 경찰·검찰 수사 단계

• 소환조사 시 유의사항
• 진술 내용은 일관성이 매우 중요
• 기억나지 않는 부분은
• “기억이 불확실하다”고 명확히 구분
• 추측이나 상대방 의도에 대한 단정적 표현은 지양
• 자료 제출
• 불리한 자료라도
• 삭제·훼손은 별도의 범죄(증거인멸)로 이어질 수 있음
• 대신,
• 자료의 의미·해석에 대한 설명,
• 당시 배경·의도 등을 함께 정리하는 것이 중요

6-3. 재판 단계에서 양형에 유리한 요소

• 다음과 같은 점이 있으면
• 집행유예 또는 벌금형 가능성을 높일 수 있습니다.
• 부정수급액의 상당 부분을 자진 반환 또는 조기 변제
• 개인적인 이득(횡령 등)보다
• 회사 운영자금 부족 등 구조적 문제에 기인한 경우
• 재발 방지 대책(내부 규정 정비, 교육, 외부 감사 도입 등) 수립
• 피해 회복·기관과의 합의, 진지한 반성 태도

7. 자주 발생하는 오해와 위험한 ‘관행’

7-1. “담당 공무원이 알고 넘어갔으니 괜찮다?”

• 위험한 오해입니다.
• 공무원이 명시적으로 “이렇게 하셔도 된다”고 말했다 하더라도
• 법령·지침 위반이면 형사책임이 면제되지 않음
• 오히려
• “알면서도 했다”는 점이 고의성의 증거로 사용될 수 있음

7-2. “성과만 내면 집행 방식은 크게 문제 되지 않는다?”

• 실무에서 자주 나오는 주장이나
• 법원은 집행 절차와 정산의 적법성을 별도로 엄격하게 봅니다.
• 예
• – 연구성과가 뛰어나도
• 인건비 허위계상, 목적 외 전용 등이 있으면
• 부정수급으로 판단될 수 있음

7-3. “다른 회사들도 다 이렇게 한다”

• 양형에 불리하게 작용할 수 있는 표현입니다.
• 조직적·관행적 범죄로 보일 위험
• 회사의 준법의식이 낮다고 평가될 수 있음

8. 예방을 위한 내부통제·컴플라이언스 팁

8-1. 최소한 갖춰야 할 내부 규정

• 다음과 같은 간단한 규정만 있어도
• 나중에 “주의·감독 의무”를 다한 근거가 됩니다.
• 보조금·지원사업 신청·집행·정산 절차 규정
• 증빙서류 보관 기간·방법에 대한 규정
• 허위작성·목적 외 사용 금지에 대한 명문화
• 위반 시 내부 징계 규정

8-2. 실무 담당자 교육

• 연 1회 이상, 다음 내용을 공유하면 좋습니다.
• 각 사업별 지침의 핵심 요약
• 허위 인건비·허위 출근부 등 대표적 부정 사례
• 형사처벌·환수 사례 간단 소개
• 문제 발견 시 보고 절차

8-3. 외부 전문가 활용 시 포인트

• 활용 대상
• 회계사·세무사: 정산·증빙 구조 설계
• 노무사: 인건비·고용지원금 관련 리스크 점검
• 형사·기업법 실무 전문가: 수사·재판 대응, 리스크 진단
• 체크해야 할 사항
• 단순 “서류 맞추기”가 아니라
• 실제 운영과 서류가 일치하도록 구조를 설계해 주는지
• 향후 수사·감사 시
• 설명 가능한 논리·자료 체계를 제시하는지

9. 자주 묻는 질문(FAQ)

Q1. 부정수급 사실을 뒤늦게 알았는데, 먼저 신고하면 처벌이 줄어드나요?

• 일반적으로,
• 자진신고·자진반환은
• 수사기관·법원에서 유리한 양형 요소로 평가되는 경우가 많습니다.
• 다만, 형사책임이 완전히 면제되는 것은 아니며,
• 부정수급 규모·기간·고의성 등에 따라 달라집니다.

Q2. 실무자가 임의로 서류를 조작했는데, 대표도 처벌받나요?

• 다음과 같은 경우 대표에게 책임이 확대될 수 있습니다.
• 보고를 받고도 묵인하거나 지시한 경우
• 내부 통제·감독이 사실상 전혀 없었던 경우
• 회사 차원에서 부정수급의 이익을 누린 경우
• 반대로,
• 적절한 관리·감독 체계를 두었고
• 실무자의 일탈행위임을 입증하면
• 대표의 책임 범위를 줄일 여지는 있습니다.

Q3. 전액을 다 환수당하나요, 일부만 돌려주면 되나요?

• 원칙
• – 부정수급으로 인정된 부분은 전액 환수가 기본입니다.
• 다만,
• 실제로 사업에 투입되어 공익적 성과가 있는 경우
• 일부 금액을 정당 집행으로 인정해
• 환수 범위가 줄어드는 사례도 있으므로
• 구체적 사실관계에 따라 다툴 여지가 있습니다.

Q4. 이미 몇 년 지난 보조금도 수사 대상이 되나요? 공소시효는 어떻게 되나요?

• 일반적으로
• 보조금법 위반, 사기죄의 공소시효는 7년(또는 10년 등)으로 보는 경우가 많고,
• 구체적인 죄명·금액·가중처벌 여부에 따라 달라집니다.
• 지원받은 지 상당 기간이 지났더라도
• 감사·민원·내부 고발 등으로 수사가 시작되는 경우가 많으므로
• “옛날 일이라 괜찮다”고 보기 어렵습니다.

10. 마무리: 기업이 기억해야 할 핵심 정리

• 국고보조금 부정수급은
• 형사처벌 + 환수 + 추가징수 + 참여제한이 동시에 올 수 있는 고위험 영역입니다.
• 특히,
• R&D, 고용지원, 설비투자 등

기업이 많이 활용하는 제도일수록

• 수사·감사 사례도 많습니다.
• 지금 단계에서 할 일
• 우리 회사가 받는 보조금·지원사업을 전수 파악
• 용도·정산 규정 준수 여부 셀프 점검
• 의심되는 부분이 있다면
• 관련 자료를 정리하고
• 외부 전문가와 상의하여
• 자진 정정·반환·수사 대응 전략을 세우는 것이 안전합니다.